În conformitate cu formatul aprobat în şedinţa Comitetului de Urgenţă din 17 iulie 2018, în această etapă au intrat în competiţie cele 42 de câştigătoare ale fazei judeţene şi 26 de echipe care au evoluat în ediţia precedentă a Ligii 3, urmând a se disputa un total de 34 de meciuri, într-o singură manşă, eliminatorie.
• CSO Viitorul Liteni (SV) – CSM Paşcani (IS) 3-0
• AS Viitorul Curiţa (BC) – ACSM Ceahlăul Piatra Neamţ (NT) 0-2
• FC Vultureşti (VS) – AS Unirea Mirceşti (IS) 0-5
• Clubul Sportiv Local Sportul Ciorăşti (VN) – CSM Focşani 2007 (VN) 1-7
• ACS Universitatea Dunărea de Jos Galaţi (GL) – ACS Sportul Chiscani (BR) 2-1
• CS Viitorul Ianca (BR) – ACS Victoria Traian (BR) 0-1
• ACS Pescăruşul Sarichioi Jr. (TL) – ACS FC Delta Dobrogea Tulcea (TL) 3-1
• CS Mihail Kogălniceanu (CT) – AS FC Agricola Borcea (CL) 1-3
• AS Mostiştea Ulmu (CL) – ACSM Olteniţa (CL) 8-9
• CS Viitorul Axintele (IL) – ACS Înainte Modelu (CL) 1-3
• SC Fotbal Club R Bucureşti (B) – ACS Viitorul Domneşti (IF) 3-0
• CS Argeşul Mihăileşti (GR) – CSO Bragadiru (IF) 0-3
• ACS Drăgăneşti-Vlaşca (TR) – CS Sporting Roşiori 2008 (TR) 1-3
• AS Gloria 2015 Corneşti (DB) – AS FC Pucioasa (DB) 2-1
• FC Petrolul Ţicleni (GJ) – ACS Viitorul Şimian (MH) 1-0
• CSM Slatina (OT) – AS Cozia Călimăneşti (VL) 3-2
• CS Victoria Zăbrani (AR) – CS Millenium Giarmata (TM) 2-0
• CSC Dacia Gepiu (BH) – CS Gloria Lunca Teuz Cermei (AR) 0-5
• AFC Sportul 2015 Petreşti (AB) – CS Hunedoara (HD) 3-1
• ACS Viitorul Şelimbăr (SB) – ACS FC Avrig (SB) 0-2
• ACS Sticla Arieşul Turda (CJ) – CS Iernut (MS) 4-2
• CS Rapid Jibou (SJ) – CS Minaur Baia Mare (MM) 0-2
• ACS Unu Fotbal Club Gloria (BN) – FC Unirea Dej (CJ) 2-1
• ACS Mureşul Ruşii-Munţi (MS) – CSM Avântul Reghin (MS) 1-5
• ACS Nemere Ghelinţa (CV) – ACS KSE Târgu Secuiesc (CV) 1-4
• AS Unirea Cristuru Secuiesc (HR) – AFC Odorheiu Secuiesc (HR) 4-3
• AS FC Precizia Săcele (BV) – CS Păuleşti (PH) 6-5
• CS Voinţa Lanuri (BZ) – CSM Râmnicu Sărat (BZ) 1-8
• ACS Unirea Bascov (AG) – CS Atletic Bradu (AG) 2-1
• AS Fortuna Becicherecu Mic (TM) – CSC Ghiroda și Gearmata Vii (TM) 1-4
Partidele AFC Viitorul Albeşti (BT) – ASMS ACS Sănătatea Darabani (BT), U Craiova 1948 SA (DJ) – CS Internaţional Băleşti (GJ), AS Croaţia Clocotici (CS) – CS Nuova Mama Mia Becicherecu Mic (TM) nu s-au disputat. Echipele evidențiate s-au calificat la "masa verde".
De asemenea, meciul AS Crasna Moftinu Mic (SM) – AFC Unirea Tăşnad (SM) nu s-a jucat deoarece gazdele nu au asigurat asistență medicală conform regulamentului ROAF.
Programul Cupei României, ediția 2018/2019
Faza I: 1-2 august 2018
Faza a II-a: 15 august 2018
Faza a III-a: 29 august 2018
Faza a IV-a: 12 septembrie 2018
Faza 16-imilor de finală: 24 – 30 septembrie 2018
Faza optimilor de finală: 29 octombrie – 4 noiembrie 2018
Faza sferturilor de finală: 25 februarie – 3 martie 2019
Faza semifinalelor, manşa tur: 1 – 7 aprilie 2019
Faza semifinalelor, manşa retur: 22 – 28 aprilie 2019
Finala Cupei României: 2 iunie 2019
